Kerajaan-kerajaan negeri dalam Malaysia juga mempunyai badan-badan eksekutif dan perundangan masing-masing.
Kerajaan persekutuan menerapkan prinsip pengasingan kuasa dan mempunyai tiga cabang: eksekutif, perundangan dan kehakiman.
Pada tahun 2001, Putrajaya menjadi Wilayah Persekutuan Malaysia yang ketiga selepas Kuala Lumpur dan.